На деветти август 1873 година завршила изградбата на првта железничка линија во Македонија помеѓу Солун и Скопје . На тој ден пристигнал првиот воз во железничката станица Скопје и тоа се смета за почеток на железницата во Македонија.

Во наредниот период оваа железничка линија се продолжила на север кон Косовска Митровица и Врање.По балканските војни (1912 -1913 ) , а посебно за време на Првата светска војна помеѓу 1915 и 1918 година , се појавила потреба од побрз пренос на стоки и матерјали посебно за воени цели , па на просторите на Македонија биле иградени две железнички линии со тесен колосек ( теснолинејка ) и тоа на правците :

• Градско – Прилеп – Битола
• Скопје-Гостивар-Кичево-Охрид-Ташморуниште 

Пред втората светска војна имало големи активности околу изградба на железнички линии заради експанзијата на економскиот развој во Балканскиот регион. Во тој период се изградени и пуштени во сообраќај следниве железнички линии: 

• Пругата Велес – Кочани на 25.08.1926 година
• Пругата Прилеп – Битола на 07.04.1931 година
• Пругата Велес – Прилеп на 20.01.1936 година 

За време на втората светска војна железничките работници имале активно учество во ослободителното движење  на Македонија. Во војната голем дел од пругите , железничките мостови и тунелите биле целосно или делумно уништени од непријателот при нивното повлекување.По ослободувањето во 1944 година е формирана Дирекција на железниците во Македонија , која имала задача да се обноват разрушените пруги , мостови и тунели и да се оспособат за редовен сообраќај.
Паралелно со тие активности се пристапило и кон изградба на нови железнички линии и тоа : 

• Пруга Скопје – Гостивар пуштена на 25.05.1952 година
• Пругата Куманово – Бељаковци пуштена 1956 година
• Пругата Бакарно Гумно – Сапотница пуштена во 1957 година
• Пруга Гостивар – Кичево со кракот Зајас – Тајмиште пуштена е на 29.11.1969 г.
• Скопски железнички јазол и нова патничка станица Скопје пуштени на 27.07.1981 година 

Во своето долгогодишно постоење железничките работници своите активности надвор од работничките обврски гиостварувале дружејки се во две друштва кои постојат и до  денес , и тоа: 

·         ЖКУД  „ Владо Тасевски “ формирано 1945 година

·         ЖСД  „ Работнички “ формирано 1937 година 

Во 2007 година ЈП Македонски железници-Скопје се подели на два независни правни субјекта и тоа :

Седиште: ул. Железничка бр.50б - Скопје Центар

Телефон централа: ++ 389 (0) 2 3118 177

Телефакс: ++ 389 (0) 2 2462 330

Е-пошта: info@mzi.mk

Основач и сопственик на фирмата: Влада на Република Македонија

со одлука бр.19-2597/02 од 08.05.2007 год.

Запишано во Централен регистар на Република Македонија на 09.08.2007 год.

Единствен даночен број: 4030007643269

Жиро сметка: 200001569609663 Стопанска банка А.Д. Скопје

Приоритетна дејност: Услужни дејности поврзани со копнениот превоз

Дејности на фирмата:

Организирање и регулирање на железничкиот сообраќај

Раководење со системите за регулирање и безбедност

Управување со железничка инфраструктура

Изградба на железничка инфраструктура

Реконструкција на железничка инфраструктура

Ремонт на железничка инфраструктура

Одржување на железничка инфраструктура

 Заштита на железничка инфраструктура